โครงการ Junior Science Talent Project (JSTP) มีศูนย์ประสานงานหลัก 2 แห่งได้แก่

1.สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ(สวทช.)

เป็นศูนย์ประสานงานกลาง และดูแลนักเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และปริญญาตรี

2.ศูนย์การจัดการศึกษาสำหรับผู้เรียนที่มีความสามารถพิเศษ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี(มจธ.)

เป็นศูนย์ประสานงาน ที่ดูแลนักเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ทั้งนี้ยังมีศูนย์ย่อยในส่วนภูมิภาคได้แก่

2.1 ศูนย์ย่อยมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน

2.2 ศูนย์ย่อยมหาวิทยาลัยเชียงใหม่

2.2 ศูนย์ย่อยมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์